Nevadan osavaltiossa, pienessä Rachel-nimisessä kaupungissa, joka sijaitsee 85 mailia kaakkoon maailman uhkapelikaupungista Las Vegasista. Muuten huomaamaton paikka, mutta siellä on yksi "mutta": lähellä sijaitsee tukikohta, joka virallisesti kuuluu Yhdysvaltain ilmavoimille - Area 51. Myös virallisten lähteiden mukaan tukikohdassa käsitellään pääasiassa uusimpien sotilaslentokoneiden kehitystä ja testausta. Ainakin niin on ajateltu tähän asti - kunnes maakaupungin kaduille ovat vallanneet ulkoavaruuden hirviöiden parvet...
Elitisen sotilasyksikön jäsenenä pelaajien on selvitettävä, mitä on tapahtunut yhden Yhdysvaltojen salaisimmista kohteista muurien sisällä. Blacksite on tunnelmallinen tieteisfantasiatoimintapeli, jossa on mukaansatempaava, epätavallinen tarina ja paljon yllätyksiä (käsikirjoittajana on toiminut Susan O'Connor - kulttimaineeseen nousseen Gears of Warin käsikirjoittaja). Myös pelin grafiikka on huippuluokkaa - peli hyödyntää huipputeknistä Unreal Engine 3:ta. Monimuotoisuuden ystävät saavat käyttöönsä seuraavan sukupolven ampumapelin, jossa on taktisia elementtejä. Lisäksi pelissä on taistelijoiden moraalijärjestelmä: komentajan stressinsietokyky vaikuttaa koko joukkueen henkeen ja voitonhaluun.