2374 год. Война между Доминионом и Федерацией в самом разгаре. Но на станции Глубокий Космос-9 узнают о новой угрозе. Секта бажорцев, поклоняющихся Па-рейфам, напала на след трёх красных сфер. Если их собрать, согласно пророчеству будет создана новая червоточина и Па-рейфы, которых сектанты считают «истинными Пророками», освободятся и начнут вселенский апокалипсис. Доминион и кардасианцы также охотятся за сферами, собираясь использовать их как оружие.
Играя за командира станции Бенджамина Сиско, его помошников - майора Киру Нарис и лейтенанта Ворфа, игроку предстоит помочь Федерации не допустить, чтобы три реликвии попали не в те руки.
