סוניק הוא לא יותר מאשר קיפוד, רק בצבע כחול לא שגרתי, אבל כל הרשעים יודעים - אם אתה מתעסק איתו, לא יהיה לך קל. ובכל זאת, ישנם משוגעים שמחפשים לנסות את כעסו של היונק הא勇敢. בין הרשעים האלה, בלט במיוחד דוקטור אגמן - הוא מנסה שוב להשתלט על העולם ולבחון את סבלנותו של הקיפוד האמיץ. המדען המהולל наруш де обработал האיזון של חוטים בלתי נראים שמקשרים את היקום, ועכשיו כול קיום נמצא בסיכון קטלני. רק גיבור אחד יכול להציל את המצב - סוניק!
האסון לא רק שהרעיד את יסודות הקיום, אלא גם הוציא לאור יצורים מדהימים מהפינות הנסתרות של היקום. יצורים מדהימים אלו העניקו לסוניק כוחות קסומים ונתנו לו אפשרויות שלא נראו כמותן. בעזרתם, וכן בהסתמך על זריזות, תושיה ומקוריות, ת embark on a dangerous journey around the world. אויבים ערמומיים מסתתרים בכל פינה, ואתגרים רבים מאלצים אותך להזיע. אבל אל תשכח את המטרה העיקרית: לשחזר את הקשרים הבלתי נראים ולהציל את סוניק מהכחדה.