Risen 2: Dark Waters is het vervolg op het zeer interessante project Risen van Piranha Bytes, dat uitkwam in oktober 2009.
Het verhaal van het spel speelt zich enkele jaren na de afloop van de eerste Risen af. De ons bekende naamloze held bevond zich op het eiland Caldera en bracht al zijn vrije tijd door in een taverne, terwijl hij probeerde zich te ontdoen van niet al te prettige herinneringen. De protagonist is veranderd in uiterlijk: een andere haarsnit, een ooglapje met daaronder de Oculi van Inquisiteur Mendoza. De hoofdpersoon heeft de alcohol opgezocht vanwege zijn machteloosheid, ondanks het feit dat hij het eiland Faranga heeft gered en de Vuur Titan heeft verslagen. In de rest van de wereld heersen nog steeds andere Titans, en in de zee zijn nieuwe monsters verschenen die aanvallen op passerende schepen. Hierdoor zijn de zeewateren en de communicatie tussen de eilanden praktisch vernietigd. In een moment van treurige overpeinzing, terwijl hij weer een pint alcohol drinkt, wordt hij gevonden door Carlos, die ooit de commandant van Harbour Town was, maar nu de hoofd-inquisiteur van de orde is geworden.
Zien in welke erbarmelijke toestand de hoofdpersoon verkeert, biedt Carlos hem de mogelijkheid om een beetje bij te verdienen door de wrakken van weer een schip dat verongelukt is te onderzoeken. Daar ontmoet de naamloze protagonist de dochter van Stalen Baard, genaamd Petty, die de schipbreuk heeft overleefd. Ze vertelt de held over een veilige manier om door de zeeën vol vreselijke wezens te reizen. Op haar beurt heeft Petty dit van piraten geleerd, die als eersten begrepen hoe ze aanvallen van de monsters konden vermijden. Vanaf dat moment begint de hoofdverhaallijn zich te ontvouwen. Met de steun van de opper-inquisiteur van de orde gaat de hoofdpersoon samen met zijn vriendin op reis, waarin ze Gregory, bijgenaamd Stalen Baard, moeten vinden en, door hun krachten en kennis te bundelen, een eind moeten maken aan de chaos in de wereld.
De wereld van het spel bestaat uit twee uitgestrekte continenten, waarvan de Oude Rijk in het noorden ligt en volledig is verwoest door de Titans. Het zuidelijke continent is Arborea en talloze eilanden die zich tussen de twee landen bevinden. Veel van de eilanden zijn bevolkt door mensen, sommige staan onder de controle van onbekende krachten en zijn nog nooit door mensen betreden. Er is vrijwel niets bekend over Arborea, maar er wordt actief het zuiden verkend. En het belangrijkste is dat er geen Titans zijn, wat bepaalde hoop voor de toekomst biedt.
Wat is er nieuw in Risen 2? De wereld is veel omvangrijker geworden, er zijn nieuwe locaties en gebieden toegevoegd, en er is nog steeds de mogelijkheid om de eilanden uit het eerste deel te bezoeken. De hoofdpersoon kan leden van verschillende facties aan zijn team toevoegen, die allemaal op zijn schip verblijven. Tijdens de reis kan de protagonist een van hen meenemen, afhankelijk van de aanstaande opdracht. Alle metgezellen hebben unieke kenmerken, en dit moet in overweging worden genomen bij de komende quests. Bovendien is het vechtsysteem verrijkt met de introductie van vuurwapens.