Des mois se sont écoulés depuis que l'armée de la Légion Ardente a été vaincue. Les Elfes de la Nuit sont retournés dans la forêt d'Ashenvale. La Horde éprouvée s'est établie à l'est de Kalimdor, tout comme les restes de l'humanité. Arthas, le nouveau roi de Lordaeron, n'a pas l'intention de s'arrêter — guidé par l'appel du Trône Gelé, il vise à conquérir le monde entier.
Et quelque part dans un coin caché de ce monde, traqué par sa geôlière Maiev, Illidan, surnommé le 'Traître', élabore ses plans. Son heure n'est pas encore venue.
L'ancienne race des Naga se réveille à l'appel d'Illidan. Les Hauts Elfes, dépouillés de leur source de pouvoir, se préparent à partir à la recherche d'une nouvelle force.
Les Naga et les Hauts Elfes s'uniront pour arrêter Arthas, qui est décidément déterminé à devenir le roi de l'armée des Morts-Vivants.