Marvel Ultimate Alliance är ett datorspel som berättar om äventyren för superhjältarna från Marvels serier. Världen är åter i fara, och denna gång är den huvudsakliga skurken den välkända Doktor Doom. Han attackerar superhjältebasen S.H.I.E.L.D, och endast superhjältarna kan rädda den från total förstörelse. Men allt är inte så enkelt som det först verkade. Doktor Doom har planer på att inte bara underkuva denna värld, utan även ta kontroll över andra. Hjältarna måste besöka Atlantis, Asgård och till och med Helvetet, medan de försöker förstöra den förrädiska skurkens planer.
Marvel Ultimate Alliance erbjuder spelare nästan alla sina kända superhjältar. I spelet kan man spela som Spider-Man, Wolverine, Daredevil, Black Panther, Punisher, Blade, och fler. Totalt finns det cirka 140 karaktärer i spelet. Det kan vara högst 4 hjältar i laget, en under spelarens kontroll och de andra under AI:s kontroll. Ändå kan man enkelt växla mellan lagmedlemmarna under spelets gång om man inser att man kan använda en viss hjältes förmågor mer effektivt (till skillnad från AI). Dessutom finns det speciella "punkter" på vissa ställen i nivåerna där man kan omorganisera laget och samla det igen. Därmed behöver ingen tvingas att klara av en plats med de hjältar man valde från början.
Varje karaktär har sin egen uppsättning speciella förmågor och färdigheter. För att förbättra en viss egenskap måste man samla erfarenhetspoäng och sedan fördela dem antingen manuellt eller automatiskt. Dessutom finns det alternativa kostymer för varje superhjälte som förbättrar deras grundläggande färdigheter eller ger hjälten helt nya förmågor. Trots vissa RPG-element är spelet en typisk action med alla tillhörande inslag. Det som händer på skärmen kan ibland liknas vid de bästa blockbuster-filmerna från andra sidan Atlanten. Hopp, explosioner, rök, fall och total förstörelse.
I kamp mot många motståndare hjälper hjältarnas unika förmågor.
Många karaktärer i Marvel Ultimate Alliance fokuserar på närstrid, men vissa kan sväva i luften. Detta är särskilt användbart i strider mot bepansrade motståndare, och deras levitationsförmågor är till hjälp vid fajter med bossar.
Det är värt att nämna att det är mycket roligare att spela Marvel Ultimate Alliance i sällskap med vänner. Om någon gång under superhjältarnas äventyr det skulle bli tråkigt, även om man är en Marvel-fan, ger samarbetsläget en stark motivation att fortsätta spela.