Poliisin tehtävä on pidättää rikollisia. Erikoisjoukkojen tehtävä on pelastaa ihmisiä terroristien käsistä. Armeija on valmis puolustamaan maata toista armeijaa vastaan. Mutta on tapauksia, joissa tapahtuu selittämätöntä, kun toinen maailma nousee ihmiskunnan maailmaa vastaan. Tässä tapauksessa F.E.A.R. — Liittovaltion Aktiivinen Reaktiotiimi — on yhteydessä.
Juoni alkaa kuin klassinen toimintaelokuva. Terroristit valtaavat salaisen sotilasobjektin, ottavat panttivankeja, eivätkä esitä vaatimuksia. Tehtävään lähetetään erikoisjoukko, mutta yhteys heihin katkeaa pian. Mutta jonkin ajan kuluttua valvontakamerat antavat signaalin. Mutta se, mitä ne näyttävät, kauhistuttaa – sotilaiden ruumiit revitään palasiksi tuntemattomalla voimalla ennen kuin he ehtivät ymmärtää mitään...