Polislerin görevi suçluları yakalamaktır. Özel kuvvetlerin görevi insanları teröristlerden kurtarmaktır. Ordu, başka bir ordudan ülkeyi savunmaya hazırdır. Ancak bazen açıklaması olmayan durumlar meydana gelir, başka bir dünya insanların dünyasına karşı isyan eder. Bu durumda F.E.A.R. - Federal Aktif Müdahale Birimi devreye girer.
Hikaye, klasik bir aksiyon filmi gibi başlar. Teröristler gizli bir askeri tesisi ele geçirir, rehineleri alır ve hiç bir talepte bulunmazlar. Olay yerine özel kuvvetler gönderilir, ancak onlarla olan bağlantı kısa sürede kaybolur. Ancak bir süre sonra güvenlik kameraları bir sinyal gönderir. Ancak gösterdikleri manzara dehşet vericidir - askerlerin bedenleri, bir şey anlamadan önce bilinmeyen bir güç tarafından parçalara ayrılmaktadır...