Le travail de la police est d'attraper des criminels. Le travail des forces spéciales est de sauver des gens des terroristes. L'armée est prête à défendre le pays contre une autre armée. Mais il existe des cas où l'inexplicable se produit, lorsque l'autre monde se dresse contre le monde des humains. Dans ce cas, F.E.A.R. — l'Unité Fédérale de Réponse Active — entre en jeu.
L'intrigue commence comme un film d'action classique. Des terroristes s'emparent d'une installation militaire secrète, prennent des otages et ne font aucune demande. Une équipe des forces spéciales est envoyée, mais le contact avec eux est bientôt perdu. Cependant, après un certain temps, les caméras de surveillance émettent un signal. Mais l'image qu'elles montrent est horrifiante : les corps des soldats sont déchirés par une force inconnue avant qu'ils ne puissent comprendre quoi que ce soit...