Shelly "Bomber" Harrison ist Offizier der Globalen Verteidigungskräfte. Und als im Jahr 2097 die Straßen der Metropole Neu-Kolumbien von Massen von Cyber-Kultisten überflutet werden, verfolgt sie Dr. Yadus Heskel. Er steht hinter dem Kult und hat den Angriff auf das Hauptquartier der GVS organisiert, bei dem Shelly nur knapp überlebt hat. Und jetzt…
Nun, Sie haben es verstanden – Rache, Meere aus Blut, Berge von Leichen, ein epischer Zusammenbruch der gesamten Metropole. Alles wie in alten, guten Zeiten. Der Prozess unterscheidet sich nicht von den alten Duke Nukem 3D und Shadow Warrior. Die Grafik wurde verbessert, die Bildschirmauflösung erhöht und voxelbasierte Spezialeffekte hinzugefügt. Das Gameplay wurde durch „Kopfschüsse“ und neue Waffentypen bereichert. Besonders hartnäckige Level-Forscher finden Geheimnisse mit Anspielungen auf Dinge wie „Doom“, „Twin Peaks“ und andere ikonische Dinge der 90er Jahre.