Shelly "Bomba" Harrison jest oficerem Globalnych Sił Obronnych. A kiedy w 2097 roku ulice metropolii Nowa Kolumbia wypełniają tłumy kultystów-cyborgów, ona podąża śladem doktora Yadusa Heskela. To on stoi za kultem i to on zorganizował atak na siedzibę GD, w którym Shelly ledwo przeżyła. A teraz...
Cóż, rozumiecie — zemsta, morza krwi, góry zwłok, epicka destrukcja całej metropolii. Wszystko jak za dawnych dobrych czasów. Proces nie różni się od starych Duke Nukem 3D i Shadow Warrior. Grafika została poprawiona, zwiększając rozdzielczość ekranu i dodając efekty specjalne voxelowe. Rozgrywka została wzbogacona o "headshoty" i nowe rodzaje broni. A szczególnie zdeterminowani badacze poziomów znajdą sekrety z odniesieniami do takich rzeczy jak "Evil Dead", "Twin Peaks" i inne kultowe rzeczy lat 90-tych.