ماكيناريوم هي لعبة مغامرة ألغاز على طراز الستيمبانك. هدف اللعبة هو حل عدة ألغاز مرتبطة معًا ككل. كما أن من خصائص اللعبة أنه لا يمكن لشخصية اللاعب التفاعل إلا مع كائن واحد متاح في كل مرة. أيضًا، لا تحتوي هذه اللعبة على حوارات، لذا لا يهم باللغة التي يتحدث بها اللاعب. بدلاً من النص، تعبر أفكار الشخصية في اللعبة من خلال صور متحركة.
كما أن اللعبة تحتوي على نظام تلميحات ثلاثي الطبقات. يمكن للاعب الحصول على تلميح واحد لكل مستوى والذي يتحول إلى كنز خاص خلال اللعبة. كما يتيح Machinarium رؤية نتائج تجميع الألغاز على شكل مسودات.
في بداية اللعبة، يشاهد اللاعب مدينة ماكيناريوم. شخصية اللاعب هي روبوت يدعى جوزيف (المسمى على اسم جوزيف تشابيك، شقيق الكاتب التشيكي كاريل تشابيك - الذي ابتكر كلمة "روبوت")، الذي تم التخلص منه. يقوم بإصلاح نفسه وينطلق في مغامرة عبر المدينة. خلال القصة، يكشف عن مؤامرة الأخوة ذات العباءة السوداء الذين يخططون لتفجير البرج البلدي. ولكنه يتم القبض عليه وحبسه.