Machinarium – это приключенческая игра-паззл в стиле стимпанк. Целью игры является решение нескольких паззлов, которые связаны в единое целое. Особенностью игры является также то, что персонаж игрока может вступать во взаимодействие только с одним объектом, находящемся в его доступе, за раз. Еще в этой игре нет диалогов, поэтому не важно, на каком языке говорит игрок. Вместо текста в игре мысли персонажа показаны в виде анимированных картинок.
Также игра имеет двух-треную систему подсказок. Один раз за уровень игрок может получить подсказку, которая превращается в особое сокровище в процессе игры. Machinarium также позволяет увидеть результат сбора паззла в виде набросков.
В начале игры зритель обозревает город Машинариум. Персонаж игрока – робот по имени Джозеф (называнный в честь Джозефа Чапека - брата чешского писателя Карела Чапека - придумашего слово “робот”), которого выбросили в утиль. Он восстанавливает себя и отправляется в путешествие по городу. По ходу сюжета он раскрывает заговор Братства Черного плаща, которые собираются взорвать городскую башню. Но тут его ловят и запирают.