Das Spiel spielt in einer alternativen post-nuklearen Welt in einem unbenannten Teil der ehemaligen USSR (vermutlich im europäischen Teil). Im Universum des Spiels brach 1986 zwischen der USSR und den USA ein Atomkrieg aus. Der Spieler steuert ein einfaches Mitglied der geheimen Organisation ATOM, die den Atomkrieg überlebt hat und heimlich die umgebende Welt beobachtet. Im Jahr 2005 beauftragte die Führung von ATOM den Spieler, eine Expedition von General Morozov zu suchen, die auf der Suche nach wertvollen Technologien entsandt wurde, aber der Kontakt zu ihr riss ab. Auf der allgemeinen Karte kann der Spieler frei zwischen den Spielstandorten reisen, von denen die größten die Stadt Krasnoznamenny sind, deren Leitung versucht, die vor dem Krieg herrschenden sowjetischen Realitäten nachzubilden, und das Handelsdorf Peregon. Auf der allgemeinen Karte kann der Spieler auf mutierte Tiere, Handelskarawanen, Gruppen von Stalkern, Banditen, Menschenhändler, Anhänger "destruktiver Sekten" stoßen und zufällige Standorte besuchen.
Das Charakterentwicklungssystem ähnelt am meisten dem SYSTEM SPECIAL (Fallout). Die Hauptparameter werden bei der Erstellung des Charakters festgelegt, und die begrenzten Möglichkeiten ihrer geringfügigen Erhöhung treten erst in den späteren Spielphasen auf. Für jedes Level erhält der Spieler Fähigkeitenpunkte, mit denen er die Beherrschung verschiedener Waffentypen, Technologien und sozialer Fähigkeiten steigern kann, sowie spezielle Punkte, die er für spezielle Fähigkeiten ausgeben kann.