Wie in den meisten Spielen dieses Genres muss man in EE wachsen, die Bevölkerung erhöhen, Gebäude errichten und feindliche Imperien zerstören. Das Besondere an diesem Spiel ist, dass man dafür 500.000 Jahre Zeit hat. Das Spiel umfasst 14 Epochen, beginnend in der Urgeschichte bis zur Nano-Epoche.
Es gibt die Möglichkeit, eine eigene Zivilisation mit einzigartigen anfänglichen Boni zu schaffen, wodurch sie sich von allen anderen unterscheidet. Um zu wachsen, müssen Arbeiter produziert werden, die Holz, Nahrung, Gold, Stein und Eisenerz sammeln. Feindliche Imperien können die Entwicklung behindern, und um sich vor ihnen zu schützen, müssen Einheiten gebaut werden. Im Spiel gibt es viele verschiedene Einheiten und Technologien und zwei Arten von 'Helden': Strateg (heilt Einheiten und demoralisiert feindliche Truppen) und Krieger (erhöht die Moral, verbessert die Stärke). Zu Beginn werden die Krieger Wilde mit Knüppeln und Steinen sein, aber mit der Entwicklung der Epochen und Technologien werden nach und nach ausgebildete Soldaten, Panzer, Jagdflugzeuge, Bomber mit Atomwaffen, Roboter usw. erscheinen. Zu Beginn wird es Fregatten als Flotte geben, allmählich werden U-Boote, Flugzeugträger usw. folgen.
EE hat 19 Zivilisationen, eine von ihnen kann nach Spielbeginn ausgewählt oder eine eigene erstellt werden.