Assim como na maioria dos jogos desse gênero, em EE você precisa evoluir, aumentar a população, construir edifícios e destruir impérios inimigos. A característica deste jogo é que tudo isso deve ser feito em 500.000 anos. O jogo inclui 14 épocas, começando da pré-história e terminando na era nanométrica.
Há a possibilidade de criar sua própria civilização com bônus iniciais exclusivos, diferenciando-a de todas as outras. Para evoluir, é necessário produzir trabalhadores que extrairão madeira, comida, ouro, pedra e minério de ferro. O desenvolvimento pode ser interrompido por impérios inimigos, e para se proteger deles, é necessário construir unidades. O jogo possui inúmeras unidades e tecnologias diferentes, além de dois tipos de "heróis": o Estrategista (cura unidades e desmoraliza tropas inimigas) e o Guerreiro (aumenta a moral e melhora a força). No início, os guerreiros serão selvagens com clavas e pedras, mas com o avanço das eras e das tecnologias, soldados treinados, tanques, caças, bombardeiros com armamento nuclear, robôs, etc., aparecerão gradualmente. No início, a frota contará com fragatas, gradualmente surgirão submarinos, porta-aviões, etc.
EE tem 19 civilizações, e você pode escolher uma delas após o início do jogo ou criar a sua.