Come nella maggior parte dei giochi di questo genere, in EE è necessario progredire, aumentare la popolazione, costruire edifici e distruggere imperi nemici. La particolarità di questo gioco è che tutto ciò deve essere fatto entro 500.000 anni. Il gioco comprende 14 epoche, a partire da quella preistorica fino ad arrivare all'epoca nano.
C'è la possibilità di creare la propria civiltà con bonus iniziali unici, distinguendola così da tutte le altre. Per progredire è necessario produrre lavoratori che raccoglieranno legno, cibo, oro, pietra e minerale di ferro. Lo sviluppo può essere ostacolato da imperi nemici e per difendersi da essi è necessario costruire unità. Nel gioco ci sono una moltitudine di unità e tecnologie diverse e due tipi di "eroe": Stratega (cura le unità e demoralizza le forze nemiche) e Guerriero (aumenta il morale e migliora la forza). Nella fase iniziale i guerrieri saranno dei selvaggi con clave e pietre, ma con il progresso delle epoche e delle tecnologie, appariranno gradualmente soldati addestrati, carri armati, cacciatori, bombardieri con armi nucleari, robot, ecc. All'inizio ci saranno fregate nella flotta, che gradualmente includerà sottomarini, portaerei, ecc.
EE ha 19 civiltà, una delle quali può essere scelta dopo l'inizio del gioco o è possibile crearne una propria.