Comme dans la plupart des jeux de ce genre, dans EE, vous devez vous développer, augmenter la population, construire des bâtiments et détruire des empires hostiles. La particularité de ce jeu est que vous disposez de 500 000 ans pour tout cela. Le jeu comprend 14 époques, commençant à partir de la préhistoire et se terminant à l'âge nano.
Il est possible de créer votre propre civilisation avec des bonus initiaux uniques, vous distinguant ainsi de toutes les autres. Pour vous développer, vous devez produire des travailleurs qui vont recueillir du bois, de la nourriture, de l'or, de la pierre et du minerai de fer. Le développement peut être entravé par des empires hostiles ; pour vous défendre contre eux, vous devez construire des unités. Le jeu propose une multitude d'unités et de technologies différentes et deux types de « héros » : le Stratège (qui soigne les unités et démoralise les troupes ennemies) et le Guerrier (qui augmente le moral et améliore la force). À la phase initiale, les guerriers seront des sauvages avec des bâtons et des pierres, mais avec l'avancement des époques et des technologies, des soldats entraînés, des chars, des chasseurs, des bombardiers nucléaires, des robots, etc., apparaîtront progressivement. Au départ, la flotte consistera en frégates et, au fil du temps, des sous-marins, des porte-avions, etc., feront leur apparition.
EE propose 19 civilisations, dont l'une peut être choisie après le début du jeu, ou vous pouvez créer la vôtre.