Precis som i de flesta spel av denna typ måste du i EE utvecklas, öka befolkningen, bygga byggnader och förstöra fientliga imperier. En egenskap hos detta spel är att du har 500 000 år på dig för allt detta. Spelet innehåller 14 epoker, som börjar med förhistorisk tid och slutar i nanoteknikens tid.
Det finns möjlighet att skapa din egen civilisation med unika ursprungliga bonusar, vilket ger den en särskiljande egenskap jämfört med alla andra. För att utvecklas måste du producera arbetare som ska samla in trä, mat, guld, sten, järnmalm. Utvecklingen kan hindras av fientliga imperier, och för att skydda dig mot dem måste du bygga enheter. Spelet har många olika enheter och teknologier samt två typer av "hjälte": Strateg (som helar enheter och demoraliserar fiendetrupper) och Krigare (som ökar moral och förbättrar styrkan). Inledningsvis kommer krigarna vara vildar med klubbor och stenar, men med tiden och utvecklingen av epoker och teknologier kommer utbildade soldater, stridsvagnar, jaktplan, bombplaner med kärnvapenuppgraderingar, robotar osv. att långsamt dyka upp. Flottan kommer i början att bestå av fregatter och gradvis kommer ubåtar, hangarfartyg osv. att dyka upp.
EE har 19 civilisationer, och en av dem kan väljas efter spelets start eller så kan du skapa din egen.