Al igual que en la mayoría de los juegos de este género, en EE necesitas desarrollarte, aumentar la población, construir edificios y destruir imperios hostiles. La característica única de este juego es que se te da 500,000 años para todo esto. El juego incluye 14 épocas, comenzando desde la prehistoria y terminando en la era nano.
Hay una opción para crear tu propia civilización con bonificaciones iniciales únicas, diferenciándola así de todas las demás. Para desarrollarte, necesitas producir trabajadores que recojan madera, comida, oro, piedra y mineral de hierro. El desarrollo puede verse obstaculizado por imperios hostiles; para defenderse de ellos, necesitas construir unidades. El juego tiene multitud de diferentes unidades y tecnologías, y dos tipos de "héroes": el Estratega (cura unidades y desmoraliza tropas enemigas) y el Guerrero (aumenta la moral, mejora la fuerza). En la etapa inicial, los guerreros serán salvajes con garrotes y piedras, pero a medida que avanzan las épocas y tecnologías, irán apareciendo soldados entrenados, tanques, cazas, bombarderos armados con armas nucleares, robots, entre otros. Al principio, la flota constará de fragatas, y con el tiempo aparecerán submarinos, portaaviones, y otros.
EE cuenta con 19 civilizaciones, una de las cuales se puede elegir después de que comience el juego, o puedes crear la tuya.