Budete hrát za bývalého mariňáka, degradovaného na uklízeče a převedeného pracovat na Mars, do laboratorního komplexu korporace UAC. Něco šlo špatně s experimentem s novou teleportací a nyní všechny místnosti na marsovské základně přetékají monstry a šílenými strážemi. A hlavní hrdina je jediný přeživší, kterému se musí podařit dostat z tohoto pekla.
Avšak příběh hry je pouze pár stránek v souboru a textu na konci každého ze tří (nebo čtyř v Ultimate edici) epizod. Hlavním prvkem Doom je hratelnost, která udělala z této hry průlom v žánru třírozměrných stříleček.
Každá epizoda se skládá z devíti úrovní (jedna z nich je tajná a není nutná k dokončení). A na každé úrovni je třeba se dostat od vchodu k východu (a tam většinou stisknout odpovídající páčku). Úroveň je labyrint s množstvím chodeb, dveří (včetně skrytých) a monster. Někdy je třeba k dosažení východu stisknout páčky, které otevírají průchody, a hledat klíčové karty pro zamčené dveře.
K vyhlazování monster je k dispozici hned 8 druhů zbraní – boxerské rukavice, motorová pila, pistole, brokovnice, kulomet, raketomet, plazmová puška a superzabijácká zbraň BFG-9000. Každá z nich má své specifické vlastnosti při používání. Například boxerské rukavice a motorová pila fungují pouze v blízkém boji, raketa může ublížit i vám, pokud vybuchne blízko, a BFG vypouští další náboje poté, co hlavní zasáhne cíl.
Během hry je také nutné sbírat různé bonusy. Zbraně, které ještě nemáte, lékárničky, neprůstřelné vesty (ty přijímají část poškození). V skrýších (většinou se nacházejí za dveřmi, které vypadají jako běžná zeď) lze najít „super-bonusy“, které zvyšují úroveň zdraví a brnění až na 200 %, a také mapy úrovní. Naštěstí mapu v hře lze také zobrazit, jen uvidíte pouze ta místa, kde jste byli.
I když je hra ve své podstatě třírozměrná, existují určité nuance. Například pistole, kulomet a brokovnice automaticky zasahují nepřátele v rámci viditelnosti, i když jsou mnohem výše/níže než vy, zatímco rakety a plazmové projektily (a také různé „náboje“ monster) mají stanovený limit pro zaměřování.
Stojí za zmínku také multiplayer. Doom je jedna z prvních her s touto funkcí. Spojením po lokální síti si můžete hry zahrát v kooperativním módu s kamarády, nebo proti sobě, přičemž za každé zabití (a za každé „sebevraždu“) získáváte body, které se ve hře nazývají fragy.
Slovo „frag“, jakož i název módu Deathmatch, se po vydání hry staly známými herními termíny. Ne málo také díky neuvěřitelné popularitě Duma, jeho pokračování a dalších her id Software.