Vas a jugar como un ex marine, degradado a limpiador y trasladado a trabajar en Marte, en el complejo de laboratorio de la corporación UAC. Algo salió mal con el experimento de una nueva tecnología de teletransportación y ahora todas las instalaciones de la base marciana están infestadas de monstruos y guardias fuera de control. Y el protagonista — es el único sobreviviente, que necesita escapar de este infierno.
Sin embargo, la trama del juego son solo un par de páginas en un archivo y texto al final de cada uno de los tres (o cuatro en la edición Ultimate) episodios. Lo principal en Doom es el gameplay, que revolucionó el género de los shooters en 3D.
Cada uno de los episodios consta de nueve niveles (uno de los cuales es secreto y no es obligatorio para completar). En cada nivel, necesitas llegar de la entrada a la salida (y a menudo presionar la palanca correspondiente ahí). Un nivel es un laberinto con muchos pasajes, puertas (incluidas las ocultas) y monstruos. A veces, para llegar a la salida, es necesario presionar palancas que abren pasajes y buscar tarjetas clave para puertas cerradas.
Para exterminar a los monstruos, hay nada menos que 8 tipos de armas: un puño, una motosierra, una pistola, una escopeta, una ametralladora, un lanzacohetes, un lanzador de plasma y la poderosa BFG-9000. Cada una tiene sus propias características al ser utilizada. Por ejemplo, el puño y la motosierra solo funcionan en combate cuerpo a cuerpo, un cohete puede dañarte también si explota cerca, y la BFG lanza cargas adicionales después de que la principal impacta en el objetivo.
A lo largo del juego, también necesitas recoger varios bonus. Armas que aún no tienes, botiquines, chalecos antibalas (que absorben parte del daño). En escondites (que generalmente se encuentran tras puertas que parecen una pared ordinaria) se pueden encontrar "súper-bonus" que elevan el nivel de salud y armadura hasta el 200%, así como el mapa del nivel. Afortunadamente, el mapa en el juego se puede ver de todos modos, solo que verás solo aquellas áreas donde has estado.
Aunque el juego es enteramente en 3D, hay ciertos matices. Así, la pistola, la ametralladora y la escopeta golpean automáticamente a los enemigos dentro del ángulo de visión, incluso si están mucho más arriba/abajo que tú, pero los cohetes y los proyectiles de plasma (así como varios "proyectiles" de los monstruos) tienen un límite para ser guiados.
Es importante mencionar el multijugador. Doom es uno de los primeros juegos con él. Juntándose a través de una red local, se puede jugar el juego en modo cooperativo con amigos, o pelear uno contra el otro, ganando puntos (llamados frags en el juego) por cada asesinato (y perdiendo por cada "suicidio").
Esta palabra "frag", así como el nombre del modo Deathmatch, se hicieron términos conocidos en la comunidad de jugadores tras el lanzamiento del juego. No en última instancia gracias a la increíble popularidad de Doom, su secuela y otros juegos de id Software.