Siz, UAC şirketinin laboratuvar kompleksi için Mars'a gönderilen ein eski deniz piyadesi olarak oynayacaksınız. Yeni teleportasyon teknolojisi ile ilgili deneyde bir şeyler ters gitti ve şimdi Mars üssündeki tüm alanlar canavarlara ve deli güvenlikçilere dolmuş durumda. Ana karakter ise bu cehennemden kurtulması gereken tek hayatta kalan kişidir.
Ancak oyunun hikayesi dosyada ve her üç (veya Ultimate sürümünde dört) bölümün sonunda birkaç sayfadan ibarettir. Doom'un asıl önemli kısmı, oyunu 3D nişancı türünde bir devrim haline getiren oyun deneyimidir.
Her bölüm dokuz seviyeden oluşur (birinin gizli olduğu ve tamamlanması gerekmeyen). Her seviyede girişten çıkışa ulaşmanız gerekiyor (ve genellikle burada uygun bir düğmeye basmanız gerekiyor). Seviyeler, birçok geçit, kapı (gizli olanlar da dahil) ve canavarlar ile dolu labirentlerdir. Çıkışa ulaşmak için, bazı durumlarda geçitleri açmak için düğmelere basmanız ve kilitli kapılar için kart anahtarları aramanız gerekir.
Canavarları yok etmek için toplamda 8 çeşit silah mevcuttur: bilek gücü, testere, tabanca, pompalı tüfek, makineli tüfek, füzeli tüfek, plazma tüfeği ve süper öldürücü silah BFG-9000. Her birinin kullanımıyla ilgili kendine özgü özellikleri vardır. Örneğin, bilek gücü ve testere sadece yakın dövüşte etkindir, roket yakında patlarsa size de zarar verebilir ve BFG, ana merminin hedefe ulaşmasının ardından ek mermiler fırlatır.
Oyun boyunca çeşitli bonusları da toplamanız gerekiyor. Henüz sahip olmadığınız silahlar, sağlık paketleri, kurşun geçirmez yelek (bu, aldığı zararın bir kısmını üstlenir). Gizli alanlarda (genellikle, normal bir duvar gibi görünen kapıların arkasında bulunur) sağlığınızı ve zırhınızı %200'e kadar artıran "süper-hediyeler" ve seviye haritası bulabilirsiniz. Neyse ki, oyundaki haritayı bu şekilde de görebiliyorsunuz, ancak sadece gittiğiniz yerleri göreceksiniz.
Oyun genel olarak üç boyutlu olsa da, belirli nüanslar vardır. Tabanca, makineli tüfek ve pompalı tüfek, görünürlük alanında olduğunda (sizi çok yukarıda/aşağıda olsa bile) otomatik olarak düşmanlara isabet ederken, roketler ve plazma parçacıkları (ve diğer canavar mermileri) için belirli bir yönlendirme sınırı vardır.
Ayrıca çok oyunculu modu da ayrı bir şekilde bahsetmek gerekir. Doom, çok oyunculu destekleyen ilk oyunlardan biridir. Yerel ağda bir araya gelerek arkadaşlarınızla işbirliği içinde oyunu geçebilir veya birbirinize karşı mücadele edebilirsiniz; her öldürmede puan kazanarak (ve her "intihar" ölümünde kaybederek) alacağınız puanlar oyunda parçalar olarak adlandırılır.
Bu "parça" kelimesi ve Deathmatch modu ismi oyunun çıkışından sonra genel oyun terimleri haline gelmiştir. Doom'un, devam oyunlarının ve id Software'in diğer oyunlarının muazzam popülaritesi sayesinde bunlar meydana gelmiştir.