Du kommer att spela som en tidigare marinsoldat som degraderas till städare och omplaceras för att arbeta på Mars, i UAC:s laboratoriekonstallation. Något gick fel med experimentet med ny teleportationsteknik och nu är hela marssidan fylld med monster och galna vakter. Huvudkaraktären är den enda överlevande som måste ta sig ut ur detta helvete.
Men spelets berättelse är bara några sidor i en fil och texten i slutet av varje av de tre (eller fyra i Ultimate-utgåvan) episoderna. Det viktigaste i Doom är gameplayet som gjorde spelet banbrytande inom genren av tredimensionella skjutspel.
Varje episod består av nio nivåer (en av dem är hemlig och valfri att klara av). På varje nivå måste du ta dig från ingången till utgången (och oftast trycka på en motsvarande spak där). Nivån är en labyrint med många gångar, dörrar (inklusive dolda) och monster. Ibland, för att nå utgången, måste du trycka på spakar som öppnar passager och leta efter nyckelkort för låsta dörrar.
För att utplåna monster finns det hela 8 typer av vapen – knogjärn, motorsåg, pistol, hagelgevär, kulspruta, raketgevär, plasmapistol och den dödande BFG-9000. Var och en av dem har sina egna egenskaper vid användning. Till exempel fungerar knogjärn och motorsåg endast i närstrid, raketen kan skada även dig om den exploderar nära, och BFG avfyrar extra projektiler efter att den första träffar sitt mål.
Under spelets gång behöver du också samla in olika bonusar. Vapen som du ännu inte har, första hjälpen-kit, skottsäker väst (den tar emot en del av skadan). I gömmor (som oftast ligger bakom dörrar som ser ut som en vanlig vägg) kan du hitta "super-bonusar" som höjer din hälsa och rustning till 200%, samt nivå-kartan. Lyckligtvis kan du se kartan i spelet också, men du ser endast de platser du har besökt.
Även om spelet övergripande är tredimensionellt, finns det vissa nyanser. Så pistol, kulspruta och hagelgevär träffar automatiskt fiender inom synhåll, även om de befinner sig mycket högre/lägre än dig, medan raketer och klumpar av plasma (liksom olika "projektiler" från monster) har en viss gräns för sikt.
Det är också värt att nämna multiplayer. Doom är ett av de första spelen med det. Genom att gå samman via ett lokalt nätverk kan man spela spelet i co-op-läge med vänner, eller slåss mot varandra, och tjäna poäng för varje död (och förlora poäng för varje "självmord") som i spelet kallas fragment.
Detta ord "fragment", samt namnet på Deathmatch-läget, blev efter spelets lansering kända termer inom spelvärlden. Inte minst tack vare den otroliga populariteten hos Doom, dess uppföljare och andra spel från id Software.