元海兵隊員が昇進を取り消され、火星のUAC（ユニバーサル・アダプテーション・コーポレーション）の研究施設で清掃員として働くことになります。新しいテレポーテーション技術の実験がうまくいかず、火星基地のすべての部屋がモンスターと狂った警備員で溢れかえっています。主人公は絶望的な状況から脱出しなければならない唯一の生存者です。
しかし、ゲームのストーリーは単なる数ページのファイルと、3つ（またはUltimate版では4つ）のエピソードの最後にあるテキストに過ぎません。ドゥームのメインは、その3Dシューティングジャンルでの革命的なゲームプレイです。
各エピソードは9つのレベルで構成されており（そのうち1つは秘密で、クリアする必要はありません）、各レベルでは入口から出口まで到達する必要があります（ほとんどの場合、適切なレバーを押す必要があります）。各レベルは多数の通路、ドア（隠されたものも含む）、モンスターで形成された迷路です。出口まで到達するためには、通路を開くレバーを押したり、閉じたドアのためのキーを探したりする必要があります。
モンスターを排除するために、なんと8種類の武器があります — ニンジャスタイルの手袋、チェンソー、ピストル、ショットガン、マシンガン、ロケットランチャー、プラズマガン、そしてBFG-9000という超強力な銃。各武器には使用時の特徴があります。例えば、手袋とチェンソーは近接戦闘でのみ使用され、ロケットは近くで爆発すると自分にもダメージを与える可能性がありますが、BFGは主弾が目標に当たった後、追加の弾を放出します。
ゲーム中にさまざまなボーナスも収集する必要があります。まだ持っていない武器、医療キット、防弾チョッキ（受けるダメージの一部を軽減します）。隠された場所（通常は普通の壁のように見えるドアの後ろにあります）には、健康とアーマーを200%まで向上させる「スーパー・ボーナス」やレベルマップを見つけることができます。幸いにも、ゲーム内で地図を見ることができ、訪れた場所を確認できますが、訪れなかった場所は見えません。
ゲーム全体が3Dであるにもかかわらず、いくつかの細かい点があります。たとえば、ピストル、マシンガン、ショットガンは、視界内の敵を自動的に攻撃し、高い位置や低い位置の敵にも当たりますが、ロケットやプラズマ弾（およびさまざまなモンスターの「弾薬」）は、ある一定の誘導範囲があります。
別に言及するべきはマルチプレイヤーモードです。ドゥームはその一つとして、初めてのマルチプレイヤーゲームの一つです。ローカルネットワークで協力してゲームをクリアしたり、お互いに戦ったりすることができ、各キル（「自殺」に対して失う）ごとに得られるポイントはゲーム内で「フラグ」と呼ばれます。
この「フラグ」という言葉やゲームモードのデスマッチは、ゲームのリリース以降、有名なゲーミング用語となりました。そして、ドゥームそのものの信じられない人気やその続編、他のid Softwareのゲームのおかげで、特にその影響は大きいです。