Você vai jogar como um ex-fuzileiro que foi rebaixado a limpador e transferido para trabalhar em Marte, no complexo laboratorial da corporação UAC. Algo deu errado com o experimento da nova tecnologia de teletransporte e agora todos os ambientes da base marciana estão infestados de monstros e segurança pirada. E o protagonista — é o único sobrevivente que precisa escapar desse inferno.
No entanto, a trama do jogo é apenas algumas páginas em um arquivo e texto no final de cada um dos três (ou quatro na edição Ultimate) episódios. O mais importante em Doom – é a jogabilidade, que fez o jogo ser um marco no gênero de atiradores em 3D.
Cada um dos episódios consiste em nove níveis (um dos quais é secreto e não é obrigatório para completar). E em cada nível você deve chegar da entrada à saída (e muitas vezes apertar a alavanca correspondente lá). O nível é um labirinto com vários caminhos, portas (inclusive escondidas) e monstros. Às vezes, para chegar à saída, você precisa ativar alavancas que abrem passagens e procurar chaves-cartas para portas trancadas.
Para eliminar os monstros, há nada menos que 8 tipos de armas — soco inglês, motosserra, pistola, espingarda, metralhadora, lançador de foguetes, lançador de plasma e a poderosa BFG-9000. Cada uma delas tem suas particularidades ao serem utilizadas. Por exemplo, o soco inglês e a motosserra funcionam apenas em combate corpo a corpo, a granada pode feri-lo se explodir perto de você, e a BFG libera cargas adicionais depois que a principal acerta o alvo.
Durante o jogo, você também precisa coletar vários bônus. Armas que você ainda não possui, kits de primeiros socorros, colete à prova de balas (que absorve parte do dano). Em esconderijos (geralmente atrás de portas que parecem paredes normais) você pode encontrar "super-bônus" que aumentam sua saúde e armadura para 200%, além de um mapa do nível. Felizmente, o mapa do jogo pode ser visto de qualquer forma, mas você só verá os lugares onde já esteve.
Embora o jogo seja em geral em 3D, há certas nuances. Assim, a pistola, a metralhadora e a espingarda atingem automaticamente os inimigos dentro do campo de visão, mesmo que estejam muito acima/abaixo de você, enquanto foguetes e bolinhas de plasma (assim como vários "projéteis" de monstros) têm um limite específico para mira.
Vale mencionar o modo multiplayer. Doom — um dos primeiros jogos a tê-lo. Ao se juntar em uma rede local, você pode jogar cooperativamente com amigos, ou lutar uns contra os outros, ganhando pontos por cada assassinato (e perdendo por cada "suicídio"), que são chamados de frag no jogo.
Essa palavra "frag", assim como o nome do modo Deathmatch, se tornaram termos de uso comum na indústria após o lançamento do jogo. Não em última instância, graças à incrível popularidade de Doom, sua sequência e outros jogos da id Software.