Θα κληθείτε να παίξετε ως πρώην πεζοναύτης, που υποβιβάστηκε σε καθαριστής και μετακομίστηκε για να εργαστεί στον Άρη, στο εργαστηριακό συγκρότημα της εταιρείας UAC. Κάτι πήγε στραβά με το πείραμα της νέας τεχνολογίας τηλεμεταφοράς και τώρα όλοι οι χώροι της βάσης στον Άρη είναι γεμάτοι τέρατα και τρελούς φρουρούς. Και ο κύριος ήρωας είναι ο μόνος επιζών που πρέπει να βγει από αυτή την κόλαση.
Ωστόσο, η πλοκή του παιχνιδιού είναι μόνο μερικές σελίδες σε ένα αρχείο και κείμενο στο τέλος κάθε από τρία (ή τέσσερα στην έκδοση Ultimate) επεισόδια. Το κύριο στοιχείο στο Doom είναι το gameplay, το οποίο έκανε το παιχνίδι επαναστατικό στο είδος των τριών διαστάσεων first-person shooters.
Κάθε επεισόδιο αποτελείται από εννέα επίπεδα (ένα από τα οποία είναι μυστικό και δεν είναι υποχρεωτικό για ολοκλήρωση). Σε κάθε επίπεδο χρειάζεται να φτάσετε από την είσοδο στην έξοδο (και συνήθως να πατήσετε το κατάλληλο μοχλό εκεί). Το επίπεδο είναι ένας λαβύρινθος με πολλές καθόδους, πόρτες (συμπεριλαμβανομένων και κρυφών) και τέρατα. Μερικές φορές, για να φτάσετε στην έξοδο, πρέπει να πατήσετε μοχλούς που ανοίγουν διαδρόμους και να αναζητήσετε κάρτες-κλειδιά για κλειστές πόρτες.
Για την εξόντωση των τεράτων υπάρχουν συνολικά 8 τύποι όπλων — γυμναστική χεριών, αλυσοπρίονο, πιστόλι, καραμπίνα, πολυβόλο, ρουκέτα, πλυσμυραίο και υπερ-εκρηκτικό όπλο BFG-9000. Κάθε ένα από αυτά έχει τα δικά του χαρακτηριστικά κατά τη χρήση. Για παράδειγμα, η γυμναστική χεριών και το αλυσοπρίονο λειτουργούν μόνο σε κοντινές αποστάσεις, ενώ η ρουκέτα μπορεί να σας βλάψει αν εκραγεί κοντά σας, και το BFG εκτοξεύει επιπλέον βολές αφού η κύρια βολή χτυπήσει το στόχο.
Κατά τη διάρκεια του παιχνιδιού, πρέπει να συλλέξετε διάφορα μπόνους. Όπλα που δεν έχετε ακόμα, φαρμακευτικά κιτ, αλεξίσφαιρο γιλέκο (το οποίο απορροφά μέρος της ζημιάς). Σε κρυφά μέρη (συνήθως πίσω από πόρτες που φαίνονται ως κανονικοί τοίχοι) μπορείτε να βρείτε "σούπερ-μπόνους", που ανεβάζουν το επίπεδο υγείας και πανοπλίας σας μέχρι 200%, καθώς και χάρτη επιπέδου. Ευτυχώς, τον χάρτη του παιχνιδιού μπορείτε να τον δείτε και έτσι, αλλά θα δείτε μόνο τις περιοχές που έχετε επισκεφτεί.
Αν και το παιχνίδι είναι κατά βάση τρισδιάστατο, υπάρχουν ορισμένα λεπτά σημεία. Έτσι, το πιστόλι, το πολυβόλο και η καραμπίνα χτυπούν αυτόματα τους εχθρούς εντός οπτικής εμβέλειας, ακόμα κι αν βρίσκονται πολύ ψηλά/χαμηλά από εσάς, ενώ οι ρουκέτες και οι θρίλακες πλάσματος (καθώς και διάφορα «βλήματα» τεράτων) έχουν έναν ορισμένο περιορισμό για την καθοδήγηση.
Αξιοσημείωτο είναι και το multiplayer. Το Doom είναι ένα από τα πρώτα παιχνίδια με multiplayer. Συγκεντρωμένοι μέσω τοπικού δικτύου, μπορείτε να περάσετε το παιχνίδι σε συνεργατικό режим με φίλους ή να παλέψετε ο ένας ενάντια στον άλλο, κερδίζοντας πόντους για κάθε θανάτωση (και χ losing for κάθε "αυτοκτονία") που ονομάζονται φράγματα στο παιχνίδι.
Αυτή η λέξη "φράγμα", καθώς και η ονομασία του τρόπου παιχνιδιού Deathmatch, μετά την κυκλοφορία του παιχνιδιού έγιναν γνωστοί όροι της κοινότητας παιχνιδιών. Όχι σε τελευταία ανάλυση χάρη στην απίστευτη δημοτικότητα του Doom, του σίκουλα και άλλων παιχνιδιών της id Software.