Vous allez jouer un ancien marine, dégradé en homme de ménage et transféré pour travailler sur Mars, dans le complexe de laboratoire de la société UAC. Quelque chose a mal tourné avec l'expérience de la nouvelle technologie de téléportation et maintenant toutes les pièces de la base martienne grouillent de monstres et de gardes devenus fous. Et le protagoniste principal est le seul survivant qui doit s'échapper de cet enfer.
Cependant, l'intrigue du jeu n'est que quelques pages dans un fichier et dans le texte à la fin de chacun des trois (ou quatre dans l'édition Ultimate) épisodes. Ce qui importe dans Doom, c'est le gameplay qui a fait du jeu une révolution dans le genre des tireurs en vue à la première personne.
Chaque épisode se compose de neuf niveaux (dont un est secret et non obligatoire pour le passage). Dans chaque niveau, vous devez vous rendre de l'entrée à la sortie (et souvent appuyer sur le levier correspondant). Chaque niveau est un labyrinthe avec de nombreux chemins, portes (y compris cachées) et monstres. Parfois, pour atteindre la sortie, il faut activer des leviers ouvrant des passages et chercher des cartes-clés pour les portes verrouillées.
Pour exterminer les monstres, il y a jusqu'à 8 types d'armes : des poings américains, une tronçonneuse, un pistolet, un fusil à pompe, une mitrailleuse, un lance-roquettes, un lanceur de plasma et le super fusil BFG-9000. Chacune a ses propres particularités d'utilisation. Par exemple, les poings américains et la tronçonneuse ne fonctionnent qu'en combat rapproché, une roquette peut vous blesser également si elle explose à proximité, et le BFG libère des charges supplémentaires après que le tir principal ait atteint sa cible.
Au fur et à mesure que vous progressez dans le jeu, vous devez également collecter divers bonus. Des armes que vous n'avez pas encore, des trousses de secours, un gilet pare-balles (qui absorbe une partie des dégâts). Dans des cachettes (qui se trouvent souvent derrière des portes semblant être de simples murs), vous pouvez trouver des "super-bonus" qui augmentent votre santé et votre armure jusqu'à 200 %, ainsi qu'une carte du niveau. Heureusement, vous pouvez consulter la carte dans le jeu, mais vous ne verrez que les endroits que vous avez visités.
Bien que le jeu soit globalement en 3D, il y a certaines subtilités. Ainsi, le pistolet, la mitrailleuse et le fusil à pompe touchent automatiquement les ennemis à portée de vue, même s'ils sont beaucoup plus haut ou plus bas que vous, tandis que les roquettes et les projectiles de plasma (ainsi que les "projets" des monstres) ont une certaine limite d'auto-guidage.
Il est également important de mentionner le mode multijoueur. Doom est l'un des premiers jeux à l'introduire. En se réunissant sur un réseau local, on peut passer le jeu en mode coopératif avec des amis, ou s'affronter l'un contre l'autre, gagnant des points (appelés "frags" dans le jeu) pour chaque élimination, et en perdant des points pour chaque "suicide".
Ce mot "frag", ainsi que le nom du mode Deathmatch, sont devenus des termes de jeu bien connus après la sortie du jeu. Et ce, en grande partie grâce à l'incroyable popularité de Doom, de sa suite et d'autres jeux de id Software.