X-COM: Apokalypsa – je třetí hra v sérii X-COM, kterou společně vyvinuly Mythos Games a MicroPros. Vydání X-COM: Apokalypsa proběhlo v roce 1997. Hra se poněkud liší od dvou předchozích dílů: X-COM: UFO Defense a X-COM: Terror From The Deep. Mezi největší změny patří možnost hrát v reálném čase, i když kanonický tahový režim také nezmizel.
Je rok 2084 a na Zemi je vše špatné – ekologická katastrofa dává o sobě vědět a v mnoha částech planety se stalo nemožné žít. Jediným místem, kde se dá alespoň nějak přežít, je obrovské město MegaPrime. Stejně jako v každém městě, i v MegaPrime jsou oblasti, do kterých by se běžní lidé lépe neměli dostávat. Panuje tam zločin, mafie operuje, řádí gangy a šíří se nebezpečná droga s názvem Psyclone. Tak to jsou slumy. Aby nějak oddělili dobré a špatné oblasti, vedení MegaPrime vybudovalo kolem ohniska zločinnosti vysoké zdi, ale to není všelék na všechny problémy.
Celkově vzato, život v MegaPrime není nic moc, ale všechno se ještě více zhoršuje, když přilétají mimozemšťané. Nejprve se k obyvatelům města dostanou průzkumné roboty a za nimi přicházejí i bojové jednotky. Uvědomujíce si, že se s invazí standardním způsobem nedá vypořádat, vedení MegaPrime se uchyluje k pomoci X-COM. Pouze tato organizace může zachránit lidstvo před konečným zničením.
V X-COM: Apokalypsa jsou antagonisty zdaleka ne sektáři, ale mikrozoidy – mikroorganismy, které podmanily sectoidy. Právě mikrozoidi jsou iniciátory invaze na Zemi. Ale plán na ovládnutí planety neuskutečňují svýma rukama (které jednoduše nemají), ale končetinami, chapadly, špičáky a drápy speciálně vyšlechtěných biorobotů: antropodů, skeletoidů, spitterů, popperů, overspawnů a tak dále.
Je třeba poznamenat, že v počátečních fázích jsou zdroje X-COM velmi omezené, ale studium technologií mimozemšťanů dělá zázraky. Organizace postupuje tak daleko ve vědeckém a technickém ohledu, že jednoho dne dojde k přehodnocení sil – už ne mimozemšťané útočí, ale sami lidé. Nakonec jednotky X-COM dorazí na nepřátelskou planetu a zničí ji, čímž navždy ukončí krveprolití.