X-COM: Apocalypse – to trzecia gra z serii X-COM, opracowana wspólnie przez Mythos Games i MicroPros. Premiera X-COM: Apocalypse miała miejsce w 1997 roku. Gra w pewnym stopniu różni się od dwóch poprzednich części: X-COM: UFO Defense i X-COM: Terror From The Deep. Do najbardziej istotnych zmian należy zaliczyć możliwość grania w trybie rzeczywistym, chociaż kanoniczny tryb turowy także pozostał.
Jest rok 2084, sytuacja na Ziemi jest zła – daje się we znaki katastrofa ekologiczna, przez którą w większości świata nie można już żyć. Jedynym miejscem, gdzie można w miarę egzystować, jest gigantyczna metropolia Megaprime. Jak w każdej mieście, w Megaprime są dzielnice, do których zwykli ludzie lepiej się nie zapuszczają. Działa tam przestępczość, należy mafia, szaleją bandyci, a także rozprzestrzenia się niebezpieczna substancja narkotyczna zwana Psyclone. Slumsy takimi, jakie są. Aby jakoś rozdzielić dobre i złe tereny, władze Megaprime wznoszą wysokie mury wokół ognisk bandytyzmu, ale to nie jest panaceum na wszystkie problemy.
Ogólnie życie w Megaprime nie jest najlepsze, ale wszystko staje się jeszcze gorsze, gdy przybywają kosmici. Najpierw mieszkańców miasta odwiedzają roboty zwiadowcze, a wkrótce potem przybywają oddziały bojowe. Zdając sobie sprawę, że nie można sprostać inwazji w konwencjonalny sposób, władze Megaprime zwracają się o pomoc do X-COM. Tylko ta organizacja może uratować ludzkość przed całkowitym zniszczeniem.
W X-COM: Apocalypse antagonistami nie są wcale sektoidy, lecz mikronoidy – mikroorganizmy, które poddały sobie sektoidy. To właśnie mikronoidy są inicjatorami inwazji na Ziemię. Oczywiście plan podboju planety nie jest realizowany ich własnymi rękami (których zwyczajnie nie mają), a kończynami, mackami, kłami i pazurami specjalnie wyhodowanych biobotów: antropodów, szkieletoidów, spitterów, popperów, overspawnów i tak dalej.
Należy zaznaczyć, że na początkowych etapach zasoby X-COM są dość ograniczone, ale badanie technologii obcych czyni cuda. Organizacja tak bardzo postępuje w naukowym i technologicznym sensie, że w pewnym momencie dochodzi do przetasowania sił – to nie obcy atakują, lecz sami ludzie. Ostatecznie jednostki X-COM docierają na wrogą planetę i ją niszczą, kończąc w ten sposób krwawą wojnę raz na zawsze.