X-COM: Apocalypse - 是 X-COM 系列中的第三款游戏，由 Mythos Games 和 MicroPros 共同开发。X-COM: Apocalypse 于 1997 年发布。与之前的两部作品 X-COM: UFO Defense 和 X-COM: Terror From The Deep 略有不同的是，这款游戏允许玩家以实时模式进行游戏，尽管经典的回合制模式仍然存在。
现在是 2084 年，地球上的情况很糟糕 - 环境灾难的影响使得地球大部分地区都无法生存。唯一可以勉强生活的地方是巨大的城市梅伽普赖姆。像所有城市一样，梅伽普赖姆有一些地区，普通人最好不要去。那里有犯罪，黑手党活动，暴徒横行，还有一种名为 Psychlon 的危险毒品扩散。贫民窟如其所示。为了划分好区与坏区，梅伽普赖姆的政府在犯罪滋生地周围建造了高墙，但这并不是解决所有问题的灵丹妙药。
总体而言，在梅伽普赖姆的生活并不好，但当外星人到来时，情况变得更糟。最初，城市的居民会遇到侦查机器人，随后是作战部队。意识到以常规手段无法应对入侵，梅伽普赖姆的政府求助于 X-COM。只有这个组织可以拯救人类免于最终的毁灭。
在 X-COM: Apocalypse 中，反派不是 Sectoids，而是 Microids - 支配了 Sectoids 的微生物。正是 Microids 发起了对地球的入侵。但他们实施征服地球的计划并不是亲自出手（因为他们根本没有手），而是通过专门研发的生物机器人：人形生物、骷髅生物、喷射生物、弹跳生物、超生成体等等。
值得一提的是，在初期阶段，X-COM 的资源非常有限，但对外星人技术的研究创造了奇迹。该组织在科学和技术上取得了重大进展，直到某个时刻，权力的平衡发生了变化 - 不再是外星人发起攻击，而是人类主动进攻。最终，X-COM 的部队抵达敌对星球并摧毁了它，从而彻底结束了一场血腥的战争。