X-COM: Apocalypse is het derde spel in de X-COM-serie, ontwikkeld door Mythos Games en MicroPros. De release van X-COM: Apocalypse vond plaats in 1997. Het spel is enigszins anders dan de twee vorige delen: X-COM: UFO Defense en X-COM: Terror From The Deep. Een van de meest significante veranderingen is de mogelijkheid voor spelers om in realtime te spelen, hoewel de canonieke turn-based modus ook niet verdwenen is.
Het is 2084, en de situatie op aarde is slecht - een ecologische ramp maakt het leven op het grootste deel van de planeet onmogelijk. De enige plek waar je nog min of meer kunt overleven is de gigantische megastad Megaprime. Zoals in elke stad zijn er in Megaprime wijken waar gewone mensen beter niet kunnen komen. Daar heerst criminaliteit, opereren maffia’s, zijn er gewapende bendes en verspreidt zich een gevaarlijke drug genaamd Psyclone. De krottenwijken zoals ze zijn. Om de goede en slechte gebieden enigszins van elkaar te scheiden, bouwt de leiding van Megaprime hoge muren rond het bolwerk van banditisme, maar dit is geen panacee voor alle problemen.
Over het algemeen is het leven in Megaprime niet best, maar het wordt nog erger wanneer er aliens arriveren. Eerst komen verkenningsrobots op bezoek, gevolgd door militaire eenheden. In het besef dat het onmogelijk is om de invasie op de gebruikelijke manier te stoppen, wendt de leiding van Megaprime zich tot X-COM. Alleen deze organisatie kan de mensheid redden van vernietiging.
In X-COM: Apocalypse zijn de antagonisten niet de sectoids, maar de micronoids - micro-organismen die de sectoids hebben onderworpen. Het zijn de micronoids die de invasie op aarde in gang zetten. Maar hun plan om de planeet te veroveren voeren ze uiteraard niet zelf uit (ze hebben immers geen handen), maar met de ledematen, tentakels, kiezen en klauwen van speciaal gefokte biorobots: antropoden, skeletoden, spitters, poppers, overspawn en ga zo maar door.
Het is vermeldenswaard dat de middelen van X-COM in de beginfase zeer beperkt zijn, maar het onderzoeken van alientechnologieën doet wonderen. De organisatie maakt zoveel vooruitgang op wetenschappelijk en technisch gebied dat er op een gegeven moment een verschuiving in de krachtenbalans plaatsvindt - niet de aliens gaan in de aanval, maar de mensen zelf. Uiteindelijk bereiken de eenheden van X-COM de vijandige planeet en vernietigen deze, waarmee ze voorgoed een einde maken aan de bloedige oorlog.