X-COM: Apocalypse – det är det tredje spelet i X-COM-serien, utvecklat i ett samarbete mellan Mythos Games och MicroPros. Utgivningen av X-COM: Apocalypse skedde 1997. Spelet skiljer sig något från de två föregående delarna: X-COM: UFO Defense och X-COM: Terror From The Deep. Bland de mest betydande förändringarna är möjligheten för spelarna att spela i realtid, även om det klassiska turordningsläget fortfarande finns kvar.
Året är 2084, och jorden är i dåligt skick – en ekologisk katastrof gör att det är omöjligt att bo på större delen av planeten. Den enda platsen där man kan existera mer eller mindre är den gigantiska megastaden Megaprim. Som i varje stad finns det områden i Megaprim dit vanliga människor bäst undviker att gå. Där verkar kriminalitet, maffian härjar, och det finns gäng som distribuerar den farliga drogen Psyklon. Slumområden som de är. För att åtminstone skilja på bra och dåliga områden bygger myndigheterna i Megaprim höga murar runt gängens fäste, men det är ingen universal lösning på alla problem.
Sammanfattningsvis är livet i Megaprim inte bra, men det blir ännu värre när utomjordingarna ankommer. Först kommer spaningsrobotar för att besöka stadens invånare, och efter dem anländer stridsenheter. När myndigheterna i Megaprim inser att de vanliga metoderna inte kan hantera invasionen, vänder de sig till hjälp från X-COM. Endast denna organisation kan rädda mänskligheten från fullständig utrotning.
I X-COM: Apocalypse är antagonisterna inte sektorer, utan mikronoidar – mikroorganismer som har underlagt sig sektorerna. Det är mikronoidarna som är initiativtagarna till invasionen av jorden. Men deras plan för att ta över planeten genomförs förstås inte av dem själva (som de helt enkelt inte har), utan genom lemmar, tentakler, tänder och klor av speciellt framavlade biologrobots: antropoder, skeletoider, spitter, poppers, over-spawns och så vidare.
Det bör noteras att resurserna för X-COM är ganska begränsade i de tidiga faserna, men studier av utomjordingarnas teknologi gör underverk. Organisationen gör så mycket framsteg inom vetenskap och teknik att man i ett ögonblick får en maktförskjutning – det är inte längre utomjordingarna som attackerar, utan människorna själva. Till slut når X-COM-enheterna den fientliga planeten och förstör den, och på så sätt sätter de en gång för alla stopp för det blodiga kriget.