X-COM: Apocalypse – adalah permainan ketiga dalam seri X-COM, yang dikembangkan oleh kolaborasi Mythos Games dan MicroPros. Rilis X-COM: Apocalypse berlangsung pada tahun 1997. Permainan ini sedikit berbeda dari dua bagian sebelumnya: X-COM: UFO Defense dan X-COM: Terror From The Deep. Salah satu perubahan paling signifikan adalah kemampuan yang diberikan kepada gamer untuk bermain dalam mode waktu nyata, meskipun mode berbasis giliran yang kanonik juga tidak hilang.
Tahun 2084, keadaan di Bumi sangat buruk - bencana ekologis mengganggu, yang menyebabkan sebagian besar planet ini menjadi tidak mungkin untuk dihuni. Satu-satunya tempat di mana manusia bisa bertahan hidup adalah kota mega raksasa Megaprime. Seperti kota-kota lainnya, di Megaprime terdapat daerah-daerah di mana sebaiknya orang biasa tidak memasuki. Di sana berlaku kejahatan, mafia, dan penyandera, serta penyebaran zat narkotika berbahaya yang disebut Psiklon. Kumuh apa adanya. Untuk membedakan daerah yang baik dan buruk, pemerintah Megaprime membangun dinding tinggi di sekitar pusat kejahatan, tetapi ini bukanlah solusi untuk semua masalah.
Secara keseluruhan, kehidupan di Megaprime tidaklah sangat baik, tetapi semuanya menjadi lebih buruk ketika para alien datang. Pertama, robot pengintai mengunjungi penduduk kota, dan setelah itu datang pula unit tempur. Menyadari bahwa menangani invasi dengan cara biasa tidak mungkin, pemerintah Megaprime meminta bantuan X-COM. Hanya organisasi ini yang dapat menyelamatkan umat manusia dari kepunahan total.
Di X-COM: Apocalypse, antagonisnya bukanlah sektoid, melainkan mikrooid - mikroorganisme yang telah menaklukkan sektoid. Mikrooid inilah yang menjadi pemicu invasi ke Bumi. Namun, rencana untuk merebut planet ini tentu tidak dilakukan dengan tangan mereka sendiri (yang tidak mereka miliki), tetapi melalui anggota tubuh, tentakel, taring, dan cakar robot bio yang ditugaskan secara khusus: antropod, skeletoid, spitter, popper, overspawn, dan sebagainya.
Perlu dicatat bahwa di tahap awal, sumber daya X-COM sangat terbatas, tetapi penelitian teknologi alien menciptakan keajaiban. Organisasi berkembang pesat dalam aspek ilmiah dan teknis sehingga suatu saat terjadi pergeseran kekuatan - bukan lagi alien yang menyerang, tetapi manusia itu sendiri. Akhirnya, unit X-COM tiba di planet musuh dan menghancurkannya, mengakhiri perang berdarah sekali dan untuk selamanya.