X-COM: Apocalypse – це третя гра в серії X-COM, розроблена спільними зусиллями Mythos Games і MicroPros. Реліз X-COM: Apocalypse відбувся в 1997 році. Гра дещо відрізняється від двох попередніх частин: X-COM: UFO Defense та X-COM: Terror From The Deep. Однією з найзначніших змін є можливість для гравців грати в режимі реального часу, хоча канонічний покроковий режим також нікуди не зник.
Зараз 2084 рік, на Землі все погано – відчувається екологічна катастрофа, через яку на більшій частині планети стало неможливо жити. Єдине місце, де можна більш-менш існувати, – це величезний мегаполіс Мегапрайм. Як і в будь-якому місті, в Мегапраймі є райони, куди звичайним людям краще не заходити. Там діє кримінал, розвивається мафія, бушують банди, а також поширюється небезпечна наркотична речовина під назвою Псиклон. Бідняцькі райони такими, якими вони є. Щоб хоч якось розмежувати хороші та погані райони, керівництво Мегапрайма зводить навколо розсадника бандитизму високі стіни, але це не є панацеєю від усіх бід.
В загальному, життя в Мегапраймі не є ідеальним, але стає ще гірше, коли прибувають прибульці. Спочатку до жителів міста завітають розвідувальні роботи, а за ними прибувають і бойові підрозділи. Розуміючи, що справитися з вторгненням звичайними засобами неможливо, керівництво Мегапрайма вдається до допомоги X-COM. Лише ця організація може врятувати людство від остаточного знищення.
У X-COM: Apocalypse антагоністами є не сектоїди, а мікроноїди – мікроорганізми, що підпорядкували собі сектоїдів. Саме мікроноїди є ініціаторами вторгнення на Землю. Але плани по захопленню планети вони, звичайно ж, реалізують не своїми руками (яких у них просто немає), а кінцівками, щупальцями, іклами та пазурами спеціально виведених біороботів: антроподів, скелетоїдів, спиттерів, попперів, оверспаунів і так далі.
Слід зазначити, що на початкових етапах ресурси X-COM є досить обмеженими, але вивчення технологій прибульців творить дива. Організація настільки просувається вперед у науковому та технічному плані, що в один момент відбувається зміна сил - вже не прибульці йдуть в атаку, а самі люди. В результаті підрозділи X-COM добираються до ворожої планети і знищують її, тим самим раз і назавжди покінчивши з кровопролитною війною.