X-COM: Apocalypse es el tercer juego de la serie X-COM, desarrollado por Mythos Games y MicroPros. El lanzamiento de X-COM: Apocalypse tuvo lugar en 1997. El juego se diferencia en algunos aspectos de las dos entregas anteriores: X-COM: UFO Defense y X-COM: Terror From The Deep. Los cambios más notables incluyen la introducción de la jugabilidad en tiempo real, aunque el modo por turnos canónico todavía está presente.
El año es 2084, y las cosas son sombrías en la Tierra—como resultado de una catástrofe ecológica que ha hecho que la mayor parte del planeta sea inhabitable. El único lugar donde la gente puede existir apenas es la gigantesca metrópoli Megaprime. Al igual que en cualquier ciudad, Megaprime tiene áreas donde a la gente común es mejor no entrar. El crimen reina, la mafia opera, las pandillas se desatan, y una peligrosa droga llamada Psiclón se esparce. Las calles marginales son como son. Para delimitar de alguna manera las buenas y malas áreas, las autoridades de Megaprime construyen altas murallas alrededor del núcleo de criminalidad, pero esto no es una panacea para todos los males.
En general, la vida en Megaprime no es tan buena, pero se vuelve aún peor cuando aparecen los extraterrestres. Primero, los bots de reconocimiento visitan a los residentes de la ciudad, seguidos por unidades de combate. Dándose cuenta de que manejar la invasión de manera habitual es imposible, las autoridades de Megaprime recurren a X-COM en busca de ayuda. Solo esta organización puede salvar a la humanidad de la destrucción total.
En X-COM: Apocalypse, los antagonistas no son sectoides, sino micromoides—microorganismos que han sometido a los sectoides. Son los micromoides los que están detrás de la invasión de la Tierra. Sin embargo, llevan a cabo el plan de conquistar el planeta no con sus propias manos (que simplemente no tienen), sino con las extremidades, tentáculos, colmillos y garras de biorobots especialmente criados: antropodos, esqueletoides, escupidores, poppers, sobreespawn y así sucesivamente.
Cabe señalar que en las etapas iniciales, los recursos de X-COM son bastante limitados, pero el estudio de las tecnologías alienígenas hace maravillas. La organización avanza tanto en términos científicos y técnicos que en un momento, el equilibrio de poder se desplaza—ya no son los extraterrestres los que atacan, sino los propios humanos. Al final, las unidades de X-COM alcanzan el planeta hostil y lo destruyen, poniendo así fin a la guerra sangrienta de una vez por todas.