X-COM: Apocalypse – on kolmas peli X-COM-sarjassa, joka on kehitetty Mythos Gamesin ja MicroProsin yhteistyönä. X-COM: Apocalypse julkaistiin vuonna 1997. Peli eroaa jonkin verran kahdesta edellisestä osasta: X-COM: UFO Defense ja X-COM: Terror From The Deep. Merkittävimmät muutokset ovat pelaajille tarjottu mahdollisuus pelata reaaliaikaisesti, vaikka klassinen vuoropohjainen tila ei olekaan kadonnut minnekään.
On vuosi 2084, ja maailmassa on huonosti – ekologinen katastrofi on tehnyt suurimmasta osasta planeetasta asuinkelvotonta. Ainoa paikka, jossa voi jotenkin elää, on valtava megakaupunki Megaprim. Kuten missä tahansa kaupungissa, Megaprimissa on alueita, joihin tavallisten ihmisten parasta on pysyä poissa. Siellä toimii rikollisuus, mafia, jengit riehuvat, ja vaarallista huumeainetta nimeltä Psyklon levitetään. Slummialueet sellaisinaan. Jotta hyviltä ja huonoilta alueilta saadaan edes jokin raja, Megaprim-johtajat rakentavat korkeita muureja ympärilleen rikollisuuden pesäkkeelle, mutta se ei ole kaikkien ongelmien ihmelääke.
Kaiken kaikkiaan elämä Megaprimissa ei ole erityisen hyvä, mutta asiat muuttuvat vielä pahemmaksi, kun avaruusolennot saapuvat. Aluksi kaupungin asukkaiden luo saapuvat tiedustelurobotit, ja niiden jälkeen tulevat taisteluyksiköt. Kun Megaprin johto ymmärtää, että tavallisin keinoin invaasioon ei pystytä vastaamaan, he kääntyvät X-COMin puoleen avun saamiseksi. Vain tämä organisaatio voi pelastaa ihmiskunnan täydelliseltä tuholta.
X-COM: Apocalypse -pelissä vastustajina eivät toimi sektoroidit, vaan mikronoidit – mikro-organismit, jotka ovat alistaneet sektoroidit. Juuri mikronoidit ovat maan päällä tapahtuvan hyökkäyksen alullepanijoita. Mutta heidän suunnitelmansa vallata planeetta ei tietenkään toteudu heidän omilla käsillään (joita heillä ei yksinkertaisesti ole), vaan erityisesti kehitettyjen biologisten robottien käsien, tuntosarvien, hampaiden ja kynsien kautta: antropodejen, skeletoidien, spitterien, popperien, over-spawnien ja niin edelleen.
On syytä huomata, että X-COMin resurssit ovat varsin rajalliset alkuvaiheessa, mutta vieraiden teknologioiden tutkiminen tekee ihmeitä. Organisaatio etenee tieteessä ja tekniikassa niin paljon, että jossain vaiheessa tapahtuu voiman siirtyminen – nyt eivät avaruusolennot hyökätäkään, vaan ihmiset itse. Lopulta X-COMin yksiköt pääsevät vihamieliselle planeetalle ja tuhoavat sen, näin se pysäyttää verisen sodan kerta kaikkiaan.