X-COM: Kıyamet – X-COM serisindeki üçüncü oyundur ve Mythos Games ile MicroPros'un ortak çabasıyla geliştirilmiştir. X-COM: Kıyamet'in çıkışı 1997 yılında gerçekleşmiştir. Oyun, önceki iki bölüm olan X-COM: UFO Defense ve X-COM: Terror From The Deep'den bazı farklılıklar göstermektedir. En önemli değişikliklerden biri, oyunculara gerçek zamanlı modda oynama imkanı sunulmasıdır, ancak klasik sıralı mod da yok olmamıştır.
Yıl 2084, Dünya kötü durumda – ekolojik bir felaket baş göstermekte ve bu nedenle gezegenin büyük bir kısmında yaşamak mümkün hale gelmemektedir. Hayatta kalınabilen tek yer, devasa bir megakent olan Megaprim'dir. Her şehirde olduğu gibi, Megaprim'de de sıradan insanların girmemesi gereken bölgeler vardır. Burada suçlar, mafya, çeteler faaliyet göstermekte ve Psiklon adındaki tehlikeli bir uyuşturucu madde yayılmaktadır. Kötüleşmiş bir ortam mevcut. İyi ve kötü bölgeleri ayırmak üzere Megaprim yönetimi etrafına yüksek duvarlar inşa etse de bu tüm sorunların panaceası değildir.
Genel olarak Megaprim'de yaşamak pek iyi değildir, ancak durum daha da kötüleşir, uzaylılar geldiğinde. İlk olarak kente keşif robotları gelir, ardından savaş birlikleri gelir. İstilayla başa çıkmanın normal yollarla mümkün olmadığını anlayan Megaprim yönetimi X-COM'un yardımına başvurur. Sadece bu organizasyon insanlığı nihai yok oluştan kurtarabilir.
X-COM: Kıyamet'te antagonist olarak sektörler değil, mikroorganizmalar olan mikronoidler rol almaktadır; mikronoidler sektörleri kontrol altına almıştır. Mikronoidler Dünya'yı işgal etme planının başlatıcılarıdır. Ancak gezegeni ele geçirme planlarını elbette kendi elleriyle (elleri yoktur) değil, özel olarak üretilmiş biyorobotların uzuvları, tentakulları, dişleri ve pençeleri ile gerçekleştirirler: antropoidler, iskeletoidler, spitterlar, popperlar, overspawnlar ve daha fazlası.
Başlangıç aşamalarında X-COM'un kaynakları oldukça sınırlıdır, ancak uzaylı teknolojilerini keşfetmek mucizeler yaratmaktadır. Organizasyonu bilimsel ve teknik olarak o kadar ileri gitmektedir ki bir noktada güç dengesi değişir – artık uzaylılar saldırmıyor, insanlar saldırmaktadır. Sonuç olarak X-COM birlikleri düşman gezegene ulaşır ve onu yok eder, böylece kanlı savaşa bir son vermiş olurlar.