X-COM: Apocalypse – das ist das dritte Spiel in der X-COM-Serie, das gemeinsam von Mythos Games und MicroPros entwickelt wurde. Die Veröffentlichung von X-COM: Apocalypse fand 1997 statt. Das Spiel unterscheidet sich ein wenig von den beiden vorherigen Teilen: X-COM: UFO Defense und X-COM: Terror From The Deep. Zu den bedeutendsten Änderungen gehört die Möglichkeit, im Echtzeitmodus zu spielen, obwohl der kanonische rundenbasierte Modus ebenfalls erhalten geblieben ist.
Im Jahr 2084 sieht es auf der Erde schlecht aus – die ökologische Katastrophe macht sich bemerkbar, wodurch es in den meisten Teilen des Planeten unmöglich geworden ist, zu leben. Der einzige Ort, an dem man mehr oder weniger existieren kann, ist die riesige Metropole Megaprim. Wie in jeder Stadt gibt es in Megaprim Viertel, in die es für normale Menschen besser ist, nicht einzudringen. Dort herrscht das Verbrechen, die Mafia ist aktiv, Banditen treiben ihr Unwesen, und eine gefährliche Droge namens Psycholon verbreitet sich. Slums wie sie sind. Um wenigstens irgendwie die guten und schlechten Viertel voneinander abzugrenzen, errichtet die Führung von Megaprim hohe Wände um das Zentrum des Verbrechens, aber das ist keine Allheilmittel gegen alle Übel.
Insgesamt ist das Leben in Megaprim nicht das Beste, aber es wird noch schlimmer, als die Außerirdischen eintreffen. Zuerst kommen Aufklärungsroboter, gefolgt von Kampftruppen. In dem Wissen, dass es unmöglich ist, mit normalen Mitteln gegen die Invasion anzukämpfen, greift die Regierung von Megaprim auf die Hilfe von X-COM zurück. Nur diese Organisation kann die Menschheit vor der endgültigen Vernichtung retten.
In X-COM: Apocalypse sind die Antagonisten nicht die Sektoiden, sondern die Mikronoiden – Mikroorganismen, die die Sektoiden unter Kontrolle haben. Die Mikronoiden sind die Initiatoren der Invasion auf die Erde. Aber den Plan zur Eroberung des Planeten setzen sie natürlich nicht mit eigenen Händen (die haben sie einfach nicht), sondern mit Gliedmaßen, Tentakeln, Zähnen und Krallen speziell gezüchteter Biotrooper: Anthropoden, Skeletoiden, Spitter, Popper, Overspawn und so weiter.
Es ist anzumerken, dass die Ressourcen von X-COM zu Beginn sehr begrenzt sind, aber die Erforschung der Technologien der Außerirdischen vollbringt Wunder. Die Organisation schreitet so weit in der wissenschaftlichen und technischen Entwicklung voran, dass es eines Tages zu einem Machtwechsel kommt – nicht die Außerirdischen greifen an, sondern die Menschen selbst. Letztendlich erreichen die Truppen von X-COM den feindlichen Planeten und vernichten ihn, wodurch sie ein für alle Mal mit dem blutigen Krieg Schluss machen.