X-COM: Apocalypse – これはMythos GamesとMicroProsの共同制作によるX-COMシリーズの第3作目で、1997年にリリースされました。このゲームは、前の2作であるX-COM: UFO DefenseおよびX-COM: Terror From The Deepとはいくつか異なる点があります。最も重要な変更点の1つは、リアルタイムモードでプレイできるようになったことであり、従来のターンベースのモードも健在です。
2084年の地球は深刻な状況に直面しています。環境災害の影響で、地球のほとんどの地域では生きることが不可能になっています。人々が何とか存在できる唯一の場所は、巨大なメガポリス、メガプライムです。どんな都市にもあるように、メガプライムにも普通の人が近づくべきでない地区があります。そこでは犯罪が横行し、マフィアが暗躍し、ギャングが幅を利かせ、サイコロンという危険な麻薬が広まっています。厳しいスラムの状況です。メガプライムの管理者は、犯罪の温床を取り囲むように高い壁を築いていますが、それがすべての問題の解決策ではありません。
全体的に見てメガプライムでの生活は良くありませんが、さらなる悪化が訪れるのは、宇宙人がやってくるときです。最初に街の住民のもとに訪れるのは偵察ロボットで、それに続いて戦闘部隊が到着します。通常の方法での侵略を防ぐことができないと悟ったメガプライムの指導者は、X-COMの助けを求めます。人類を完全な滅亡から救えるのはこの組織だけです。
X-COM: Apocalypseでは、敵役はセクトイデンではなく、マイクロノイデン、つまりセクトイデンを支配する微生物です。まさにマイクロノイデンが地球侵略の発起人です。しかし、彼らは自分たちの手（彼らにはそのような手はありませんが）ではなく、特別に作られたバイオロボットの手足、触手、牙、爪を使って地球を征服する計画を実行します：アンソロポイド、スケルトイド、スピッター、ポッパー、オーバースポーンなどです。
初期段階ではX-COMのリソースは非常に限られていますが、異星人の技術を研究することで奇跡が起こります。組織は科学技術の面で驚くほど前進し、その結果、一瞬の力の逆転が起きます – もはや異星人が攻撃するのではなく、人間自身が攻撃を仕掛けます。最終的にX-COMの部隊は敵の惑星に到達し、それを破壊し、血なまぐさい戦争に終止符を打ちます。