X-COM: Apocalypse – यह X-COM श्रृंखला का तीसरा गेम है, जिसे Mythos Games और MicroPros के संयुक्त प्रयासों से विकसित किया गया है। X-COM: Apocalypse का विमोचन 1997 में हुआ। गेम पिछले दो भागों: X-COM: UFO Defense और X-COM: Terror From The Deep से कुछ हद तक अलग है। सबसे महत्वपूर्ण बदलावों में से एक है गेमर्स को वास्तविक समय में खेलने की अनुमति देना, हालांकि पारंपरिक टर्न-आधारित मोड कहीं नहीं गया है।
2084 साल है, पृथ्वी पर सब कुछ खराब है - पारिस्थितिकी संकट का असर है, जिसके कारण पृथ्वी के अधिकांश हिस्से पर जीना असंभव हो गया है। एकमात्र स्थान जहां कृत्रिम रूप से जीवित रहना संभव है, वह है विशाल मेगापोलिस मेगाप्राइम। किसी भी शहर की तरह, मेगाप्राइम में ऐसे क्षेत्र हैं, जहां सामान्य लोगों को नहीं जाना चाहिए। वहां अपराध, माफिया, गैंगस्टर सक्रिय हैं, और 'Psiklon' नामक खतरनाक नशीली दवा फैल रही है। जैसे वे झुग्गियां हैं। अच्छे और बुरे क्षेत्रों को अलग करने के लिए, मेगाप्राइम की सरकार अपराध के अभेद्य केंद्र के चारों ओर ऊँचे दीवारें बनाती है, लेकिन यह सभी समस्याओं का समाधान नहीं है।
कुल मिलाकर, मेगाप्राइम में जीवन विशेष नहीं है, लेकिन जब विदेशी आते हैं तो सब कुछ और भी बुरा हो जाता है। सबसे पहले शहर के निवासियों के पास अनुसंधान बॉट्स आते हैं, और उसके बाद लड़ाई की टुकड़ियाँ। यह समझते हुए कि घुसपैठ का सामना सामान्य तरीके से नहीं किया जा सकता, मेगाप्राइम के अधिकारी X-COM की मदद की गुहार लगाते हैं। केवल यह संगठन मानवता को पूर्ण विनाश से बचा सकता है।
X-COM: Apocalypse में प्रतिकृतियों के रूप में सेक्टोइड्स नहीं, बल्कि माइक्रोनॉइड्स हैं - सूक्ष्मजीव, जिन्होंने सेक्टोइड्स को अपने अधीन कर लिया है। असल में माइक्रोनॉइड्स पृथ्वी पर आक्रमण के प्रवर्तक हैं। लेकिन वे ग्रह पर कब्जा करने की योजना अपने ही हाथों से नहीं, बल्कि विशेष रूप से विकसित बायोरोबोट्स: एंथ्रोपोड्स, स्केलेटॉइड्स, स्पिटर्स, पॉपर, ओवरस्पॉन्स आदि के अंगों, दम और पंजों के माध्यम से लागू करते हैं।
यह उल्लेखनीय है कि प्रारंभिक स्तरों पर X-COM के संसाधन बहुत सीमित होते हैं, लेकिन परग्रही प्रौद्योगिकियों का अध्ययन चमत्कार करता है। संगठन वैज्ञानिक और तकनीकी दृष्टि से इतना आगे बढ़ता है कि एक समय पर शक्ति संतुलन में बदलाव होता है - अब परग्रही हमला नहीं करते, बल्कि खुद लोग करते हैं। अंत में, X-COM की टुकड़ियां शत्रुतापूर्ण ग्रह पर पहुँचती हैं और उसे नष्ट कर देती हैं, इस प्रकार रक्त से भरी युद्ध को एक बार और हमेशा के लिए समाप्त कर देती हैं।