X-COM: Apocalypse - سومین بازی در سری X-COM است که با همکاری Mythos Games و MicroPros توسعه یافته است. انتشار X-COM: Apocalypse در سال ۱۹۹۷ صورت گرفت. این بازی کمی متفاوت از دو قسمت قبلی یعنی X-COM: UFO Defense و X-COM: Terror From The Deep است. از تغییرات عمده می‌توان به امکان بازی در حالت واقعی زمان اشاره کرد، گرچه حالت نوبتی که حالت اصلی است نیز حذف نشده است.
در سال ۲۰۸۴، اوضاع زمین خراب است - یک فاجعه زیست‌محیطی باعث شده است که زندگی در بخش عمده‌ای از سیاره غیرممکن شود. تنها جایی که می‌توان به نوعی زندگی کرد، یک کلانشهر غول‌پیکر به نام مگاپرایم است. مانند هر شهر دیگری، در مگاپرایم مناطقی وجود دارد که بهتر است مردم عادی به آنجا نروند. در آنجا جنایت، مافیا، و باندها مشغول به کارند و مواد مخدر خطرناکی به نام سایکلون توزیع می‌شود. زاغه‌ها به حالت خودشان. برای تفکیک مناطق خوب و بد، مقامات مگاپرایم دیوارهای بلندی دور مرکز جنایت‌کاری می‌کشند، اما این اقدامات پادزهر همه مشکلات نیستند.
در کل، زندگی در مگاپرایم خوب نیست، اما وقتی بیگانگان می‌آیند، اوضاع حتی بدتر می‌شود. ابتدا ربات‌های شناسایی به شهر می‌آیند و سپس واحدهای نظامی می‌رسند. با درک این که مقابله با حمله به روش‌های معمولی ممکن نیست، مقامات مگاپرایم به کمک X-COM متوسل می‌شوند. تنها این سازمان می‌تواند بشریت را از نابودی نهایی نجات دهد.
در X-COM: Apocalypse، دشمنان ارگانیسم‌های میکرو هستند نه سکتوئیدها – میکروارگانیسم‌هایی که سکتوئیدها را تحت کنترل دارند. میکروها خودشان عامل حمله به زمین هستند. اما آنها برنامه‌ریزی برای تصرف سیاره را به دست نمی‌گیرند (چون دست ندارند) بلکه از اعضای بدن، شاخک‌ها، دندان‌ها و چنگال‌های بیوربات‌های ویژه‌ای که به وجود آمده‌اند استفاده می‌کنند: آنتروپودها، اسکلتوئیدها، اسپیتترها، پاپرها، اووراسپاون‌ها و غیره.
باید اشاره کرد که در مراحل ابتدایی، منابع X-COM بسیار محدود هستند، اما مطالعه فناوری‌های بیگانگان معجزه‌ها به بار می‌آورد. این سازمان آنقدر در زمینه‌های علمی و فناوری پیشرفت می‌کند که در یک مقطع تغییر نیرو به وجود می‌آید – دیگر بیگانگان نیستند که حمله می‌کنند، بلکه خود انسان‌ها هستند. در نهایت، واحدهای X-COM به سیاره دشمن می‌رسند و آن را نابود می‌کنند و بدین ترتیب یکبار برای همیشه با جنگ خونین پایان می‌دهند.