X-COM: Apocalypse – ez a harmadik játék az X-COM sorozatban, amelyet a Mythos Games és a MicroPros közösen fejlesztett ki. Az X-COM: Apocalypse kiadása 1997-ben történt. A játék némileg eltér a két előző résztől: az X-COM: UFO Defense és az X-COM: Terror From The Deep. A legjelentősebb változtatások között szerepel, hogy a játékosok lehetőséget kapnak valós idejű módban játszani, bár a kanonikus körökre osztott módszer is megmaradt.
Az év 2084, és a Földön minden rosszul áll – ökológiai katasztrófa sújtja a bolygót, ami miatt a legtöbb helyen lehetetlenné vált az élet. Az egyetlen hely, ahol valahogyan létezni lehet, a gigászi Megaprim nevű megapolisz. Mint minden városban, Megaprimban is vannak olyan kerületek, ahová a hétköznapi embereknek jobb, ha nem mennek. Ott a bűnözés virágzik, a maffia tevékenykedik, a banditák garázdálkodnak, és veszélyes drog, a Psiklon terjed. Nyomornegyedek, ahogy vannak. Hogy valamennyire elválassza a jó és rossz kerületeket, Megaprim vezetése magas falakat épít a gengszterizmus fészke köré, de ez nem jelent megoldást minden problémára.
Összességében elmondható, hogy az élet Megaprimban nem valami jó, de még rosszabbá válik, amikor megérkeznek az űrlények. Először a város lakóinak látogatóba jönnek a felderítő robotok, majd utánuk harci egységek érkeznek. Felismerve, hogy a behatolással a hagyományos módon nem tudnak megbirkózni, Megaprim vezetése segítséget kér az X-COM-tól. Csak ez a szervezet mentheti meg az emberiséget a végső megsemmisüléstől.
Az X-COM: Apocalypse-ban az antagonisták nem a szektoidák, hanem a mikroonoidák – mikroszkopikus organizmusok, amelyek alávetik magukat a szektoidáknak. Ők azok, akik kezdeményezik a Föld elleni inváziót. De a bolygó elfogására irányuló tervüket természetesen nem saját kezükkel (hiszen az nekik egyszerűen nincs), hanem a kifejlesztett biorobotok végtagjaival, csápjaival, agyaraival és karmaival valósítják meg: antropódok, szkeletoidák, spiterek, popperek, overspawnok stb.
Érdemes megjegyezni, hogy az X-COM kezdeti erőforrásai nagyon korlátozottak, de az idegen technológiák tanulmányozása csodákra képes. A szervezet annyira előrehaladt a tudományos és műszaki területeken, hogy egy idő után megváltozik a hatalmi viszony – nem az idegenek támadnak, hanem már az emberek. Ennek eredményeként az X-COM egységei eljutnak az ellenséges bolygóra és megsemmisítik azt, ezzel végleg véget vetve a véres háborúnak.