X-COM: Apocalypse - המשחק השלישי בסדרת X-COM שפותח בשיתוף פעולה בין Mythos Games ל-MicroPros. המשחק שוחרר בשנת 1997. המשחק שונה במעט משני המשחקים הקודמים: X-COM: UFO Defense ו-X-COM: Terror From The Deep. בין השינויים המשמעותיים ביותר ניתן לציין את האפשרות שניתנה לשחקנים לשחק במצב של זמן אמת, אם כי מצב התור בו נחשב לקנוני לא נעלם.
השנה היא 2084, והמצב על כדור הארץ רע - אסון אקולוגי גרם לכך שלא ניתן לחיות ברוב חלקי הכוכב. המקום היחידי שבו אפשר איכשהו לשרוד הוא המטרופולין הענק MegaPrime. כמו בכל עיר, במגה-פריים יש אזורים שמוטב לאנשים רגילים לא להיכנס אליהם. באזור זה פעילים פשע, ישנן מאפיות, והעבריינים משתוללים, לצד הפצת סם מסוכן בשם פסיקלון. חיי העוני כמו שהם. כדי להפריד ככל האפשר בין אזורים טובים לרעים, אנשי הממשלה במגה-פריים בונים סביב קן הפשע חומות גבוהות, אך זה לא תרופה לכל הבעיות.
באופן כללי, החיים במגה-פריים אינם טובים, אך הכל נהיה גרוע עוד יותר כאשר חייזרים מגיעים. תחילה מגיעים רובוטי ריגול, ולאחריהם מגיעות יחידות קרב. לאחר שמבינים שאין אפשרות להתמודד עם הפלישה בדרך הרגילה, ההנהגה במגה-פריים פונה לעזרה מ-X-COM. רק הארגון הזה יכול להציל את האנושות מהכחדה סופית.
ב-X-COM: Apocalypse, היריבים אינם סקטואידים אלא מיקרונואידים – מיקרואורגניזמים ששולטים בסקטואידים. המיקרונואידים הם היוזמים של הפלישה לכדור הארץ. אבל הם לא יכולים לממש את תוכנית לכיבוש הכוכב בידיהם (כי אין להם ידיים) אלא באמצעות גפיים, זרועות, ניבים וטופריהם של ביורובוטים שהוזרמו במיוחד: אנטропודים, סקלטואידים, ספיטרים, פופרים, אוברספאונים וכו'.
יש לציין שבשלבים הראשוניים משאבי X-COM מוגבלים מאוד, אך לימוד טכנולוגיות החייזרים עושה פלאים. הארגון התפתח כל כך הרבה מבחינה מדעית וטכנולוגית, שבשלב מסוים מתרחשת מהפך בכוחות – כבר לא החייזרים תוקפים, אלא בני האדם עצמם. בסופו של דבר, יחידות X-COM מגיעות לכוכב האויב ומשמידות אותו, ובכך מסיימות סופית עם המלחמה המדממת.