X-COM: Apocalypse – è il terzo gioco della serie X-COM, sviluppato congiuntamente da Mythos Games e MicroPros. Il rilascio di X-COM: Apocalypse è avvenuto nel 1997. Il gioco si differenzia in alcuni aspetti dai due precedenti: X-COM: UFO Defense e X-COM: Terror From The Deep. Tra le modifiche più significative c'è la possibilità per i giocatori di giocare in tempo reale, anche se il canone a turni non è stato completamente abbandonato.
Siamo nel 2084, la situazione sulla Terra è grave: una catastrofe ecologica ha reso impossibile la vita nella maggior parte del pianeta. L'unico posto in cui è ancora possibile esistere è la gigantesca metropoli di Megaprime. Come in ogni città, ci sono quartieri a Megaprime dove ai normali cittadini è meglio non avventurarsi. È presente la criminalità, opera la mafia, i banditi si scatenano e viene diffuso un pericoloso narcotico chiamato Psyclone. Le baraccopoli come sono. Per cercare di delimitare le buone e le cattive zone, il governo di Megaprime erige alte mura attorno ai focolai di banditismo, ma questo non è una panacea per tutti i mali.
Nel complesso, la vita a Megaprime non è eccezionale, ma tutto peggiora ulteriormente quando arrivano gli alieni. Inizialmente, il sindaco della città viene visitato da robot di ricognizione e subito dopo arrivano le truppe d'assalto. Comprendendo che non possono affrontare l'invasione con metodi convenzionali, il governo di Megaprime si rivolge a X-COM. Solo questa organizzazione può salvare l'umanità dalla completa distruzione.
In X-COM: Apocalypse gli antagonisti non sono affatto i sectoids, ma i micronoidi – microrganismi che hanno sottomesso i sectoids. Sono proprio i micronoidi a essere gli iniziatori dell'invasione sulla Terra. Ovviamente, non attuano il loro piano di conquista del pianeta con le loro mani (che semplicemente non hanno), ma attraverso arti, tentacoli, zanne e artigli di biobot appositamente allevati: antropodi, scheletoidi, spitter, popper, overspawn e così via.
Va notato che nelle fasi iniziali le risorse di X-COM sono piuttosto limitate, ma lo studio delle tecnologie aliene compie miracoli. L'organizzazione progredisce così tanto dal punto di vista scientifico e tecnico che a un certo punto si verifica un cambio di potere: non sono più gli alieni ad attaccare, ma gli esseri umani. Alla fine, le unità di X-COM riescono ad arrivare sul pianeta nemico e lo distruggono, ponendo così fine a una sanguinosa guerra una volta per tutte.