X-COM: Apocalypse – c'est le troisième jeu de la série X-COM, développé en collaboration par Mythos Games et MicroPros. La sortie de X-COM: Apocalypse a eu lieu en 1997. Le jeu diffère quelque peu des deux précédents volets : X-COM: UFO Defense et X-COM: Terror From The Deep. Parmi les changements les plus significatifs figure la possibilité pour les joueurs de jouer en temps réel, bien que le mode de jeu au tour par tour canonique soit également toujours présent.
L'année est 2084, la Terre est en mauvais état - une catastrophe écologique rend la vie impossible sur une grande partie de la planète. Le seul endroit où l'on peut à peu près survivre est la gigantesque mégapole MégaPrime. Comme dans toute ville, il y a à MégaPrime des quartiers où il vaut mieux que les gens normaux ne s'aventurent pas. Là, la criminalité est omniprésente, la mafia est active, les bandits sévissent, et une drogue dangereuse appelée Psychlon se propage. Les bidonvilles tels qu'ils sont. Pour tenter de délimiter les bons et les mauvais quartiers, la direction de MégaPrime a érigé de hauts murs autour de ce foyer de banditisme, mais cela ne constitue pas une panacée contre tous les maux.
Dans l'ensemble, la vie à MégaPrime n'est pas géniale, mais elle devient encore pire lorsque des extraterrestres arrivent. D'abord, des robots de reconnaissance viennent rendre visite aux habitants de la ville, suivis par des unités de combat. Réalisant qu'il est impossible de faire face à l'invasion de manière conventionnelle, la direction de MégaPrime fait appel à X-COM. Seule cette organisation peut sauver l'humanité d'une destruction définitive.
Dans X-COM: Apocalypse, les antagonistes ne sont pas des sectoïdes, mais des micro-noïdes – des micro-organismes qui ont soumis les sectoïdes. Ce sont les micro-noïdes qui initièrent l'invasion de la Terre. Mais leur plan pour conquérir la planète n'est bien sûr pas réalisé par leurs propres mains (qu'ils n'ont tout simplement pas), mais par les membres, tentacules, crocs et griffes de bio-robots spécialement conçus : anthropodes, squeletoïdes, spitters, poppers, overspawns, etc.
Il convient de noter qu'aux premières étapes, les ressources de X-COM sont très limitées, mais l'étude des technologies extraterrestres fait des merveilles. L'organisation progresse tant sur le plan scientifique et technique, qu'à un moment donné, il y a un renversement des forces - ce ne sont plus les extraterrestres qui attaquent, mais les humains eux-mêmes. Finalement, les unités de X-COM atteignent la planète hostile et l'anéantissent, mettant ainsi un terme définitif à cette guerre sanglante.